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Covidの起源と不穏な自然研究
2023年4月22日

2020年3月に世界が封鎖されて以来、Covid19はどこで、どのように出現したのかという疑問は、科学者や一般の人々を魅了してきました。

ウイルスの発生源を突き止めることは、将来のパンデミックを防ぐ上で非常に重要なことですが、Covidの起源を突き止める探求は深く政治化されており、その結果、研究、協力、対話の流れが変化しています。悲しいことに、中国の科学者が最近『Nature』に発表したように、2020年に武漢で起きた事件の真相究明にはまだ遠い道のりがある。

ウイルスの起源を突き止めるという問題は、Covidの潜在的な重要性が認識されるとほぼ同時に始まった。武漢での発生直後、Covidが動物から人間に感染したとされる華南湿地市場が閉鎖され、中国の科学者は野生動物のケージを含む市場周辺から綿棒を採取したが、この情報は世界には秘密にされた。この綿棒が採取される前に、発生時に市場で売られていた実際の動物を検査したり、その動物がどこから運ばれてきたかを追跡したりする試みは行われていない。

一方、Covidが中国に広まるにつれ、当初は科学研究機関がCovidの起源を追究するためのタスクフォースを作るよう奨励、要請された。当時、ウイルスの発生源として最も有力視されていたコウモリを研究したことのない研究者までもが、突然、野生の発生源を探すために現地に赴くことになった。同時に、これらの研究所は厳しい監視下に置かれた。SARS-CoV2の起源に言及するような出版物は、提出前に審査と承認が必要であり、科学者は出版物についてでさえ、ジャーナリストと話すことを事実上禁じられていた。

その後、政治情勢は再び変化し始め、中国政府はCovidの起源に関する研究をより困難にし始めました。2021年初頭には、コウモリの野外調査を行うことが難しくなり、Sars-CoV2と最も類似したウイルスがコウモリから発見された雲南省などでは、科学者たちは今年の半ばまでにコウモリの調査はもう許されないと告げられた。その中には、私や私の研究チームも含まれていました。私たちは2013年から雲南省でコウモリの研究を淡々と行い、多くの科学者と同様に2020年にはより多くのサンプルを採取するよう奨励されましたが、2021年には、サンプリングが不可能になる前から、時には警察のチェックやインタビュー、監視を含む激しい監視の対象となりました。

この後、Covidが中国国外から出現したという主張が突然頻発し、信じられないことに、中国の雑誌に、数千匹の中国のコウモリの調査からSARS-CoV2を発見できなかったという発表がありました。これは、同じ著者による全く逆の結果が事前に発表されていたにもかかわらず、である。

2022年初頭、中国は、中国疾病管理センターのジョージ・ガオと他の数名の学者によるプレプリント（査読を受けていない研究）を発表し、華南湿地市場から綿棒を採取したことをようやく認めました。その根拠となったデータは公開されていません。

このプレプリントは、中国CDCが今月発表したSARS-CoV2パンデミックの起源に関するNature誌の査読付き研究論文の基礎となっています。この論文が、最も権威のある科学雑誌の一つであるNature誌に掲載された経緯は、明らかな誤りや難解な点が多く含まれているため、明らかではありません。

ネイチャー誌は、華南湿地市場のスワブ（綿棒）、ケージ、および動物から直接採取した他のサンプルに基づいている。ケージの綿棒とは異なり、これらの動物サンプルがどこから来たのか、市場とどのように関連しているのかを知ることは不可能です。湿地市場周辺の数匹の野良動物が検査されたのは3月末で、武漢ではすでにウイルスがピークを迎えて衰えた後だった。市場が閉鎖されてから3ヵ月後の動物データの価値は非常に限られている。

Natureの論文が不安定な基盤の上に成り立っていたことは、他の理由からも明らかです。この論文の元になっているプレプリントが2022年2月に初めて発表されたとき、その不明確な方法論が批判されました。例えば、「ヒト核酸は濃縮キットを使って除去した」と書かれていましたが、実際にはヒトDNAはサンプルから除去されておらず、「濃縮キット」はこの文脈では科学用語として認識されていません。

プレプリントの著者の所属が一部間違っているだけでなく（著者の中には実際に論文を見ていない人もいるかもしれない）、検出された種について科学的名称と一般的名称を混在させて使用していた。そのため、一般名に「アナグマ」を含む全く異なる種類の動物が3種類あるにもかかわらず、本文では「アナグマ」が市場で売られていると書かれていた。また、タヌキが実際に売られていたことを示す複数の情報源からの反対証拠にもかかわらず、プレプリントはタヌキが市場にいなかったと主張しています。

2023年、欧米の科学者が、中国の科学者が使用した武漢の基礎データがインターネット上で公開されていることを発見し、この不透明な分析に光が当てられた。このデータは、中国のデータ出版社に協力を要請した際にオフラインになったもので、クリッツ・クリストフが率いる欧米の科学者たちは、今年初めにプレプリント研究を発表することができた。しかし、その結果は、中国の科学者たちとは明らかに異なっていました。

その結果、CDCの調査とは異なり、市場のケージからタヌキのDNAが検出され、これらのサンプルからもSARS-CoV2が陽性であることが判明しました。このことから、タヌキは市場に存在していただけでなく、Covidに感染していた可能性があり、流出候補となる可能性が高いと考えられます。2020年に市場にいた動物の綿棒は採取されていないため、これは確認できない。

なぜ欧米の科学者はタヌキのDNAを見つけたのに、中国のプレプリントは見つからなかったのか？その理由の一つは、中国のCDCチームが限られたDNAデータベースを使用して、調査対象の動物を特定したことです。そのデータベースには、タヌキのDNA配列は1つしかなく、普通の犬のDNA配列は何百とありました。そのため、武漢で発見されたタヌキのDNAを犬のDNAと誤認してしまったのです。

欧米の科学者たちが、中国CDCのオリジナル研究に大きな欠陥があることを指摘する分析結果を発表した後、CDCは最新のプレプリントを発表して反論しました。この新しいプレプリントは、これまで間違っていた著者の所属を修正し、分析量を増やした。しかし、方法論上の多くの問題を解決することはできず、さらに悪いことに、Nature誌の研究でも繰り返されている新たな誤りを導入してしまったのです。

ネイチャー誌の中で、武漢の市場にあるはずのないいくつかの種のDNAが確認された。例えば、研究者は、サンプルの中にパンダのDNAがあると主張しています。中国ではパンダを殺すと12年の禁固刑か死刑になることを考えると、2020年に華南の市場でパンダが売られていたことはありえない。綿棒から確認された他の動物は、チンパンジー（この地域には生息していない）、デグー（南米出身）、2つのグループのモレラット（アフリカ原産）、アンテロープなどだと主張しています。

これらの動物の中には、サンプルに含まれるDNAが少量しかないものもありました。しかし、カモシカが武漢にいたはずはないのに、アフリカのカモシカのDNAが圧倒的に多く含まれていたのです。

つまり、中国の研究では、調査したDNAサンプルの識別を誤った（誤った割り当て）か、分析時に綿棒がラボで汚染されたかのどちらかであることがわかります。いずれにせよ、これはこの研究に対する信頼性を高めるものではありません。これらの種の中には、現在中国に生息する動物から数百万年前に分岐したものもある。もし、これらの誤認が種の割り当ての悪さに起因するのであれば、データのチェックはほとんど行われていないに違いない。

では、なぜこのようなお粗末なデータが発表されたのだろうか。CDCの動機は想像に難くない。最初のプレプリントとNature誌の研究は、いずれもCovidが中国以外の国で発生した可能性をわざわざ示唆するものだった。プレプリントでは、Covidの「本当の起源」を見つけるには、他の国で発見された2019年のサンプルにCovidが含まれていたことを示す研究を見るべきだと示唆しています。

Nature誌の研究では、その立場を少し変えて、『感染した人間、あるいはコールドチェーン製品を通じてウイルスが市場に導入される可能性は、まだ否定できない』と書いています。

Nature誌は、CDCが武漢で採取した動物サンプルはいずれもCovid陽性であったと強調している。しかし、これらの動物のほとんどは、市場が閉鎖されてから数ヵ月後に外で検査された迷子であり、Covid19の「有能な」宿主ではなかったため、いずれにしても感染することはなかったことを考えると、これは水を差す試みのように思える。

この2つの論文の結論で明らかにされている動機と、それに先立つ広範な政治的意図は、パンデミックの発生から3年経った今でも、Covid-19の起源を見つけることに近づいていないことを意味している。

おそらく、「動物ゼロ」を探し続けるよりも、Covidのようなウイルスがなぜ人間の集団に流出するのかを理解し、どのような条件がこのリスクを高めるのかをよりよく理解することに、私たちの努力を集中する時がついに来たのでしょう。なぜなら、Covidは私たちが目撃する最後のパンデミックではないだろうし、私たちは同じ過ちを繰り返さないために必要な教訓をまだ学んでいないのだから。

執筆者
アリス・C・ヒューズ
Alice C Hughes博士は、香港大学生物科学部の准教授です。